対処法
※自己責任でお願いします。関係ない人は触らないでください。
ここ（enforce_start.sh – Google ドライブ）からDLしたファイルをRP5に保存、RP5の設定→ハンドヘルドの設定→アドバンスト→Rootとしてスクリプトを実行する→DLしたファイルを選択
で直りました。
様子見でまだアプデしてない人は様子見続行です。
一応ソースはここ（Update help?! : r/retroid）。
余談
おかしくなった、というのは「エミュからSDカード内のROMファイルを読み込まなくなる」という症状です。
なぜかRetroArchでは起きない上に、PPSSPPでは初期化（ROMの場所の再設定だったかも）したら直りました。それ以外のエミュではいろいろいじってみたものの目立った変化はありませんでした。
