中にはガチでやばいやつも
サードパーティー製の周辺機器を使ったトラブルがかなり報告されてますね。ドックを使ったら本体が故障してまったく動かなくなったという話も。
それ以外にも、コントローラーをつなぐとエラーが出て再起動というケースもあるようです。この場合、それまでは普通に使えていたのにファームウェアの更新を機に急にこういう症状が出るようになったということらしいので、現時点で普通に使えても将来急にダメになる可能性も考えられます。
ケースやフィルムといったものはサードパーティー製でも問題ないでしょうが、電気的・機械的に接続するものはちゃんとしたものを選んだ方が良さそうです。
で、その「ちゃんとしたもの」の見極め方ですが。任天堂のライセンスがあるかどうかということなんですが、ズバリこれ。
このマークがあるかどうかで判断すればいいと思います。メーカーでいうなら任天堂かHORI。
万全を期したいならドックやコントローラーだけでなく、充電ケーブルも純正を使った方がいいようです。
詳しくはこちらを参照。